این تشکل که بعداً نام هیئت‌های مؤتلفه اسلامی را گرفت و بنابر اعتقاد عمیق به ولایت‌فقیه و روحانیت، در ارتباط با امام و تحت نظارت شورای روحانیت که مرکب از استاد شهید آیت‌الله مطهری، استاد شهید آیت‌الله دکتر بهشتی و استاد شهید حجت‌الاسلام دکتر باهنر و حجت‌الاسلام انواری و حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی و... بود.
جمعیت مؤتلفه اسلامی که دارای شاخه نظامی نیز بود کلیه امور مربوط به اداره مبارزه را تا سال 44 به‌عهده داشت: چاپ و توزیع اعلامیه‌ها و نوارهای امام و سایر مراجع و روحانیت و انجام تبلیغات لازم و برنامه‌ریزی‌های سیاسی و بزرگداشت‌ها و مراسم فیضیه و قیام 15 خرداد و مراسم روزهای مخصوص و سایر فعالیت‌ها. و در زمینه مبارزه مسلحانه نیز اولین گروه مسلح را به اجازه رسمی بعضی از فقها و اجازه ضمنی امام تشکیل داد و ضمن تهیه اسلحه به ساختن مواد منفجره پرداخته و چند مورد را آزمایش کرد و بالاخره پس از تبعید امام در آبان 43 اقدام به اعدام انقلابی حسن‌علی منصور عامل تصویب مجدد کاپیتولاسیون و تبعید امام نمود و تصمیم به اعدام گروهی دیگر از مزدوران و جلادان شاه داشت که به علت دستگیری کادر اصلی نظامی و سپس سیاسی موفق نگردید و فعالیت جمعیت دچار رکود گردید. بالاخص که فکر ایجاد سازمان‌های زیرزمینی مخفی و مسلح به شدت در جامعه اوج گرفته بود و حزب ملل اسلامی و بر جریان شمس آبادی (در کاخ مرمر) نموداری از این بینش بود و افراد و گروه‌های فعال در صدد ایجاد سازمان‌هایی بودند که بتوانند ضربه نهایی را بر رژیم وارد سازند.
حضور فعال مجاهدین خلق، در صحنه سیاست و زمینه مساعد، باعث جذب اکثر نیروها از جمله نیروهای متعهد و مسلمان و معتقد به ولایت فقیه به آنان شد. و هرکس هرچه داشت در طبق اخلاص نهاده، می‌کوشید به این سازمان که با تبلیغات قوی، خود را دارای اسلام مترقی و پاسدار انقلاب معرفی می کرد تقدیم کند و خود در کنار یا جزء آن سازمان به مبارزه بپردازد.
مخصوصاً که سازمان کمونیستی فدائیان خلق هم به صحنه وارد شده بود، مسلمان‌ها ضرورت یک سازمان مذهبی مسلح را بیشتر احساس می‌نمودند. منتها مجاهدین خلق فقط به مبارزه مسلحانه معتقد بودند و فقط کسانی را قبول داشتند که اسلحه به دست بگیرند و این کار باعث شد که همه نیروهای اجتماعی به کار گرفته نشوند و فقط قشر محدودی به مبارزه بپردازند و از طرفی چون عقاید