بود ایجاد اتحاد میان شیعه و سنی که جهانخواران همواره از تفرقه آنها علیه اسلام بهره برداری می کنند یکی از ابعاد مهم مبارزه با استکبار جهانی است.
ساواک با استفاده از همین زمینه او را به وهابی گری متهم کرد و تعدادی از روحانیون غافل نیز آلت دست شدند و به بهانه دفاع از ولایت بهترین چهره های مدافع ولایت را آماج تهمت های ناروا قرار دادند. ساواک گرچه در این توطئه ناکام ماند ولی توانست از سرعت حرکت مبارزاتی بهشتی و همرزمانش تا حدودی بکاهد.
شهید بهشتی در سال های بین دهه پنجاه بیشترین تلاش را برای ساختن طلاب جوان به منظور تشکیل هسته های اصلی مبارزه علیه رژیم شاه به عمل آورد. مدرسه حقانی قم شاهدی است گویا بر این تلاش و فضلای برخاسته از آن که اکنون در گوشه و کنار کشور بازوهائی قوی برای انقلاب اسلامی به حساب می آیند شاهدان زنده این تلاش پرثمر هستند. او در کنار این تلاش ها دهها گروه مختلف فرهنگی، اقتصادی و مبارزاتی را هدایت می کرد. او با ارتباط مستمری که با رهبری داشت همواره پشتوانه محکمی برای مبارزانی بود که در زندان ها به سر می بردند.
او به همین جرم ها در طول سال های پیش از پیروزی انقلاب سه بار به زندان افتاد که آخرین آنها در هشتم محرم 1399 (1357 ش) بود. سران ساواک که می دانستند تظاهرات میلیونی مردم توسط چند نفر از روحانیون مبارز تهران از جمله بهشتی هدایت می شود او را در زندان تحت فشار قرار دادند تا تظاهرات عظیم تاسوعا و عاشورای 1399 را خنثی نمایند ولی وقتی با مقاومت شدید او و منطق رسایش که با اطمینان خاطر از سقوط حتمی رژیم پوسیده شاهنشاهی و پیروزی انقلاب اسلامی سخن می گفت روبرو شدند پس از دو روز او را آزاد