بعد از شهادت حضرت امام حسن عسکری و آغاز غیبت صغرا، چهار نایب خاص حضرت مهدی علیه السلام کار سازمان‌دهی این هسته‌های مقاومت را به‌عهده داشتند و درعین حال، در این دوران نسبتاً متوسط (در حدود 74 سال) این هسته‌های مقاومت اندک اندک برای حیات جدید خویش آماده شدند و کار رهبری آن‌ها را (که قبلاً صرفاً در اختیار امامان بود) عالمان زاهد و پرهیزگار و مبارز و مقاوم به‌عهده گرفتند و راه خود را در کویر یک تاریخ سراپا درد گشودند و به جلو آمدند.
این هسته‌های مقاومت انقلابی که به نام حوزه علمیه در تاریخ ما شناخته شده‌اند همیشه سنگر مبارزه سیاسی علیه تهاجمات خارجی و سنگر مبارزه اجتماعی علیه نیروهای مستکبر «خود همه انگار» داخلی به شمار می‌آمدند و از طرف دیگر نیز همیشه دشمنان مردم و دشمنان بشریت و دشمنان اسلام در کمین می بوده‌اند که با آخرین ترفندها، این هسته‌های مقاومت را درهم بشکنند و تسلط جبارانه خود را گسترش بیشتری بدهند ولی به خاطر ساخت خاصی که امامان شیعه (علیهم‌السلام) با ده‌‌ها سال کار و مبارزه و تلاش به این هسته‌ها بخشیده بودند پایه‌های آن را عمدتاً بر علم و تقوا و مبارزه با ظلم و ستم بنا نهاده بودند، از یک سو و ازسوی دیگر به خاطر نفوذ توده ای این هسته‌های انقلابی و این‌که همواره توده‌های مردم در زیر دشنه دژخیمان آخرین پناه خود را در این هسته‌های مقاومت جستجو