زیر نظر می‌گرفت دوباره به تفکر می پرداخت و روش هر یک از این سه تن را مورد ارزیابی دقیق قرارداده تجربه‌ها می‌آموخت و راه‌حل مشکلات را جستجو می‌کرد.
از طرف دیگر تربیت یافتن در حوزه درس شخصیتی همچون امام خمینی که شاگردان خویش را به اصلاح وضع جامعه اسلامی و تجلی اسلام و احکام اسلامی در جامعه فرامی‌خواند خود عامل پیگیری بود برای این‌که ذهن را به سوی مشکلات جامعه اسلامی و تلاش و کوشش در حل آن‌ها سوق دهد.
اما حوزه علمیه قم به علل گوناگون از لحاظ رشد افکار و اندیشه‌های سیاسی بر حوزه‌های دیگر ترجیح داشت. به خصوص در سال‌های 27 و 28 و 29 که موج آزادی‌خواهی سراسر ایران را فراگرفته بود در قم نیز جنبش‌ها و حرکت‌هایی وجود داشت، به خصوص فدائیان اسلام که مبارزه مسلحانه آن‌ها دکتر مصدق را سر کار آورد ستاد عملیاتی خود را در مدرسه فیضیه قرار داده بودند و هرروز و هرشب پس از نماز جماعت آیت‌الله سید محمدتقی خوانساری که از آنان حمایت می‌کرد- به افشاگری علیه رژیم پرداخته و به قیام دعوت می‌کردند.
استاد مطهری خود از کسانی بودند که در جریان این فعالیت‌ها بود و با کلیه گروه‌هایی که خواهان اقدام انقلابی برای اصلاح جامعه اسلامی بودند و من‌جمله فدائیان اسلام در ارتباط بود و به طور نامحسوس با آن‌ها همفکری نموده و آنان را راهنمایی می‌کرد.