و تحقیقی برای آموزش معارف اسلامی بود و لذا یکی از افرادی بود که در تاسیس آن نقش بسیار مهمی داشت و از اعضا هیئت مدیره آن بود. استاد مطهری امیدوار بود که این مرکز اسلامی بتواند در شناساندن اسلام و ایدئولوژی اسلامی توفیق یابد. از این جهت بود که با عشق و علاقه وقت خود را صرف اداره هرچه بهتر آن می کرد. و تمام امور را با کنجکاوی خاص زیر نظر می گرفت و انتقادات خود را با مسئولان دیگر در میان می گذاشت. اما سرانجام مجبور شد از مسئولیت آن مرکز تعلیماتی کناره گیری کند.
استاد مطهری از جهت دعوت دانشمندان اسلام و متفکرین مسلمان برای همکاری علمی با آن موسسه نقش بسیار موثری داشت، خود نیز سخنرانی های متعددی در آنجا ایراد می کرد که از آن جمله است:
1- تحریفات در واقعه تاریخی عاشورا
2- حماسه حسینی
3- جاذبه و دافعه علی (ع)
5- تصدی مسجد الجواد
استاد مطهری در سال های 1349، 1350 و 1351، برنامه های تبلیغی مسجد الجواد را زیر نظر داشت و غالباً خود سخنران اصلی بود. موضوعات بیشتر جنبه قرآنی دارد و برخی از آن ها تحت عنوان تفسیر قرآن است.