مستند از طریق همین مؤسسه پیشنهاد شده و استاد مطهری انجام آن را به‌عهده می‌گیرند- سرانجام جلد اول این کتاب «داستان راستان» در سال 1339 منتشر می‌گردد و مورد استقبال فوق‌العاده قرار می‌گیرد و پس از مدت کوتاهی نایاب می‌شود. این کتاب از سال 1339 تا به امروز مکرر در مکرر (بیش از 15 بار) چاپ شده و از طرف یونسکو به‌‌عنوان بهترین کتاب سال شناخته شده است.
در روز 17 دی ماه 1334، آقای حاج میرزا علی آقای شیرازی که استاد مطهری بسیار از او را عزیز می‌شمرد دار فانی را وداع می‌گوید و در تیرماه 1335 جلد سوم کتاب اصول فلسفه و روش رئالیسم منتشر می‌گردد.
در سال 1336، انتشارات مکتب تشیع تأسیس می‌شود و استاد مطهری از طریق نوشتن مقاله با آن مؤسسه همکاری می‌نمایند.
برخی از مقالات ایشان که در مجله مکتب تشیع به چاپ رسیده است عبارت است از:
1- اصالت روح (اردیبهشت 1338)
2-قرآن و مسئله‌ای از حیات (مهرماه 1338)
3- سال 1381 (دی ماه 1338)
4- توحید و تکامل (بهار 1339)
5-حق عقل در اجتهاد (سال 1341)
در سال‌های 1337 و 1338 که انجمن اسلامی پزشکان تشکیل