آورد، در این هنگام است که هسته مرکزی جامعه روحانیت در قم و تهران نضج می‌گیرد و رهبری مردم را به دست می‌گیرد و پس از آن شعبات دیگر جامعه روحانیت نیز در شهرهای دیگر بوجود می آید. مطهری را باید یکی از مبتکرین و سازمان‌دهندگان این طرح دانست.
استاد مطهری نظرات خود را درباره سازمان روحانیت طی مقاله‌ای در کتاب مرجعیت و روحانیت منتشر کرد.
نقش دیگر استاد مطهری در هیأت‌های مؤتلفه اسلامی است که نقش مهمی در گسترش نهضت اسلامی داشتند. مرحوم استاد مطهری همراه با چند تن دیگر از شخصیت‌های روحانی از سوی امام عهده‌دار رهبری و هدایت موتلفه گردید.
وجود شخصیتی همچون مطهری در این هنگام بسیار مغتنم و راه‌گشا بود چون هم فردی بود مبتکر و کاردان و هم در محیط روحانیت از احترام خاص برخوردار بود و هم عشق و علاقه شدید به گسترش نهضت داشت و هم مورد اعتماد مؤتلفه بود و با روشن‌فکران نیز در ارتباط بود.
بالاخره در اثر فشار عامه مردم و تلاش و کوشش علما امام پس از گذشت چند ماه آزاد شده و به قم بازمی‌گردند. اما امام به مبارزه خود همچنان ادامه می‌دهند تا این‌که مسئله کاپیتولاسیون مطرح می‌گردد و رژیم تصمیم به تبعید ایشان می‌گیرد.
پس از تبعید امام به ترکیه مسئولیت استاد مطهری به‌مراتب