خرداد 1342 (12 محرم 1383) رخ می دهد.
استاد مطهری در تمام این مدت نقش بسیار مؤثری در این جریانات داشت. در مدتی که طلاب مبارز در پادگان باغشاه بودند، به دیدار آن‌ها می‌رفتند و از نظر نحوه مبارزه آن‌ها را ارشاد و راهنمایی می‌کردند و در جریان قیام 15 خرداد نقش بسیار مؤثری داشتند. رژیم فقط به گوشه‌ای از فعالیت‌های استاد مطهری پی برده بود و لذا ساعت یک بعد از نیمه‌شب روز چهارشنبه پانزده خرداد 1342 به وسیله پلیس توقیف شده و به زندان موقت شهربانی منتقل می‌گردند. قبل از دستگیری استاد مطهری حدود پنج شش تن از علمای دیگر دستگیر شده بودند و پس از آن نیز عده بسیاری از دستگیر می‌گردند.
بخشی از پرونده ایشان پیرامون خطبه امام حسین: «من رأی سلطاناً جابراً....» تشکیل‌شده بود که در آن سخنرانی جهت مبارزه را به سمت شخص شاه و رژیم سلطنتی هدایت کرده بودند؛ چیزی که در آن زمان بسیار تازگی داشت، مهاجرت علمای شهرستان‌ها و تهران و فشار مردم، رژیم را مجبور کرد تا بسیاری از زندانیان را از زندان آزاد کنند.