طلابی را که از وجود ایشان بهره‌مند می‌شدند در غم و اندوه فرو برده و هم‌مباحثه ایشان حضرت آیت‌الله منتظری که لذت یازده سال هم‌صحبتی با ایشان را چشیده بود پس از این مهاجرت احساس تنهایی می‌کنند.
هرچند اگر آن استاد متفکر در حوزه علمیه قم باقی می‌ماند امروز آن حوزه وضع دیگری داشت و از قوت و نیرومندی بهتری در ارائه معارف اسلامی و پاسداری از ایدئولوژی اسلامی برخوردار بود اما مهاجرت ایشان به تهران از جهات دیگر بسیار مفید و ثمربخش بود که در بخش آینده به برخی از آن اشاره خواهد شد.
4- دوران اقامت در تهران: (1358-1331)
این دوران را می‌‌توان به سه بخش مهم زیر تقسیم کرد:
الف- از سال 1331 تا 1341:
از سال 1331 به بعد زندگی استاد مطهری ابعاد گسترده‌تری می‌یابد، آثار قلمی ارزنده ایشان چه به‌صورت مقاله و چه به صورت کتاب از همین سال شروع می شود. گویا اولین مقاله ایشان در سال 1332 در نشریه حکمت قم منتشر می‌گردد. اولین اثر مهم ایشان مقدمه و پاورقی بر جلد اول اصول فلسفه و روش رئالیسم است که در اسفند ماه 1332 منتشر می‌گردد. متن اصول فلسفه و روش رئالیسم نوشته حضرت علامه طباطبایی است اما ازآنجا که فهم آن به واسطه ایجاز و اختصارش بر بسیاری از افراد خصوصاً