می گردد و چندی پس از آن نیز حسینیه ارشاد تعطیل می گردد و استاد مطهری دستگیر و مورد بازداشت قرار می گیرد و پس از مدت کوتاهی آزاد می گردد.
در این چند ساله، فعالیت در مسیر صحیح اسلامی و پیش بردن نهضت اسلامی بسیار سخت و دشوار می گردد. از طرفی اختناق و فشار حکومت افزایش می یابد، بسیاری از مبارزین و طلاب و دانشجویان به زندان می افتند سخن گفتن بسیار دشوار می گردد. و در این میان یار با وفای استاد مطهری، حضرت آیت الله منتظری تبعید و زندان می افتند. بسیاری از روحانیون ممنوع المنبر می گردند. ازجمله خود استاد مطهری پیش از سال 1356 برای مدتی ممنوع المنبر می گردند.
از طرف دیگر علیرغم این فشار و اختناق باید این مبارزه اسلامی را در جهت صحیح خود رهبری نمود و از هرگونه انحراف بر حذر داشت. استاد مطهری با در نظر گرفتن همه این جوانب مسیر خود را انتخاب می کرد. از طرفی با امام در ارتباط بود و حتی در سال 1355 توانست علی رغم مشکلات بسیار خود را به نجف برساند و به خدمت امام شرف یاب گردد. امام نیز با توجه به اعتماد فوق العاده ای که به ایشان داشت و درباره او می فرمود ثمره عمر من است، رهنمودهای خویش را در مورد مسائل مختلف و از جمله شیوه درسی حوزه علمیه را به ایشان اظهار می کرد. و از طرف دیگر خود از درایت خاص برخوردار بود و مشکلات و خطرات