علاوه بر فعالیت های فوق، استاد مطهری به مشکلات سیاسی و اجتماعی جامعه اسلامی نیر می اندیشیدند و مثلاً در حدود سال 48، اعلامیه ای به امضاء ایشان همراه با امضای حضرت علامه طباطبائی و حاج سید ابوالفضل مجتهد زنجانی مبنی بر جمع اعانه برای کمک به آوارگان فلسطینی منتشر می گردد. ارتباط استاد مطهری با امام در تمام طول این مدت همواره برقرار بود و نامه ها بین ایشان رد و بدل می شد.
صرف نظر از سخنرانی های متعدد و نیز جلسات انجمن اسلامی پزشکان که هر دو هفته یک بار تشکیل می گردید یک جلسه تفسیر هفتگی داشتند که تا سال آخر حیات ایشان ادامه داشت و در حدود پانزده سال به طول انجامیده بود... این تفسیر از سوره حج آغاز شده بود (تفسیر سوره های قبل از آن، قبلاً توسط دکتر محمد ابراهیم آیتی انجام گرفته بود) و تا آخر قرآن تفسیر شد. متاسفانه از این جلسات تفسیر که در نوع خود کم نظیر است مقدار کمی باقی مانده است.
در روز جمعه 5 آذرماه 1350، والد محترم استاد مطهری در فریمان به رحمت ایزدی می پیوندند و تلگرام های تسلیت از سوی روحانیون، و برخی شخصیت مبارز، مراجع تقلید و من جمله امام خمینی به آقای مطهری ارسال می گردد.
سال 1351 تا 1357:
در سال 51 برنامه های مسجد الجواد از سوی رژیم تعطیل