ادامه دهد و برخی از کتاب‌ها، مقالات و سخنرانی‌های تحقیقی دینی، فلسفی و عرفانی ایشان نتیجه آن است. «آشنایی با علوم اسلامی» شامل شش قسمت منطق، فلسفه، کلام، عرفان، فقه و اصول فقه، تصحیح و تعلیق کتاب التحصیل از آن جمله است.
استاد مطهری تنها متخصص فلسفه مشاء بود که به کتب شیخ ابوعلی سینا احاطه کامل داشت و متن شفا و نجات و اشارات شیخ را در دوره دکترا تدریس می‌کرد- علاوه بر کتب شیخ، شرح منظومه سبزواری و شواهد الربوبیه ملاصدرا را نیز تدریس می نمود.
به مناسبت وارد شدن در فعالیت‌های سیاسی و اجتماعی سال‌ها از دانشیاری وی جلوگیری کردند. با اینکه او از این عناوین آزاد بود و شخصیت علمی او بر همه روشن بود و بالاخره رتبه دانشیاری و استادی را نیز بازیافت اما این اعمال حکایت از وضع اسف‌انگیز آن دانشکده و اعمال نفوذ رژیم در تمام دانشگاه‌ها می‌کرد.
از دیگر فعالیت‌های ثمربخش استاد در این سال‌ها همکاری و راهنمایی فکری با شرکت سهامی انتشار است که رأی و نظر ایشان در انتخاب و انتشار بهترین کتب مورد نیاز و نقد و بررسی کتاب‌ها بهترین کمک فکری برای این مؤسسه فرهنگی بوده است- طرح و ایده نگاشتن کتابی محتوی داستان‌های مفید و ساده و درعین حال